南京农业大学智慧畜牧与环境科学系成立于2019年，是学校立足国家乡村振兴战略与现代畜牧业数智化转型需求，依托学校畜牧学一流学科基础，深度融合动物科学、环境工程、人工智能与信息技术而设立的教学科研核心阵地。本系整合了原动物生产与家畜环境卫生团队的骨干力量，并积极引进畜牧工程学领域高端人才，组建了跨学科、高水平的教学科研团队。现有客座教授2人，教授1人、副教授5人，讲师1人，钟山青年研究员1人及科研助理1人；省“六大高峰人才”1人、省“333高层次人才工程”培养对象1人、省“青蓝工程”中青年学术带头人1人、省现代农业产业体系岗位专家1人。

本系注重产学研深度融合，建有南京农业大学家畜环境控制与智慧生产研究中心、南京农业大学-深农智能未来牧场研究院、江苏省（泰州）生猪科技小院、专家工作站及江苏省研究生工作站等多个科研与实践平台，形成了从基础研究到产业应用的全链条平台体系。同时，注重国际交流与合作，与荷兰瓦赫宁根大学、美国普渡大学、加拿大不列颠哥伦比亚大学、日本东京农工大学、泰国清迈大学等多所大学保持紧密合作，持续选派师生赴外交流，开展访问与合作研究。

智慧畜牧与环境科学系始终坚持“多学科交叉融合”的发展理念，聚焦动物环境健康与智慧养殖等重大科学问题，围绕动物环境生理与营养调控、动物行为与福利、智慧养殖与环境调控、污染物减排与粪污资源化利用等方向开展基础与应用研究。致力于建成国内一流、国际知名的智慧畜牧复合型人才培养基地与科技创新平台，为国家农业现代化建设提供坚实的科技与人才保障。