南京农业大学动物繁殖科学系是我国动物繁殖学科的重要发源地与核心建设单位之一，依托学院百年畜牧学科积淀（渊源于1917年南京高等师范农科，是国内最早设立的畜牧兽医高等教育单位之一），是支撑畜牧学一级学科（博士点、博士后流动站，江苏省“十四五”优势学科）建设的核心系部。学科起源于原中央大学畜牧系家畜繁殖相关教学科研方向，1952年全国高校院系调整后成立南京农学院畜牧系动物繁殖教研组，1981 年成为我国首批动物繁殖学硕士学位授权点，后续获批动物遗传育种与繁殖二级学科博士点，在历次学科评估中保持国内领先水平，为我国现代动物繁殖学的建立与发展奠定了重要基础，走出了谢成侠（我国家畜繁殖学奠基人）、陈效华（学科创建者）、郑亦辉等一大批中国动物繁殖学教育的先驱，培养了大批行业领军人才。

动物繁殖科学系瞄准国际动物繁殖科学前沿与国家畜禽种业振兴重大需求，围绕建设国际一流畜禽繁殖教学科研基地的目标，在引领学科发展、培养专业人才、推动畜牧产业进步等方面做出了突出贡献。本系现有教授、副教授等专任教师20余名，包括国家级人才、省级“333高层次人才工程”“青蓝工程”入选者等多层次骨干力量，每年招收博士生、学术型硕士生、专业型硕士生百余人，形成了本-硕-博-博士后完整的人才培养体系，为我国畜禽种业与畜牧行业输送了大量高素质专业人才。

动物繁殖科学系下设家禽繁殖教学科研室、猪繁殖教学科研室、羊繁殖教学科研室、牛繁殖教学科研室等4个专业教学科研单元，实验室以保障我国畜禽种业安全与畜牧产业高质量发展为目标，围绕畜禽生殖生理与内分泌调控、繁殖性状遗传改良与分子机制、胚胎工程与现代繁育技术、繁殖障碍防控与繁殖健康管理等核心研究方向，深入揭示畜禽繁殖调控规律，突破高效繁育关键技术，研发具有自主知识产权的育种与繁殖技术体系，成果广泛应用于猪、牛、羊、家禽等主要畜禽的品种改良与产业升级，为我国畜禽种业振兴与畜牧业高质量发展提供了核心理论支撑与技术保障。