南京农业大学动物营养与饲料科学系是动物科技学院核心系室之一，该学科为江苏省重点建设学科，拥有国家动物消化道营养国际联合研究中心、江苏省消化道营养与动物健康重点实验室、江苏省动物源食品生产与安全保障重点实验室等科研平台。本学科伴随南京农业大学畜牧学一级学科发展而发展，其历史可追溯到光绪二十二年（1896）时任两江总督张之洞创办的江南储材学堂农政门畜牧专业。其后，该专业历经了南京高等师范学校时期（1918-1921）、东南大学畜牧系时期（1921-1928）、国立中央大学畜牧兽医系时期（1928-1949）和南京大学畜牧兽医系时期（1949-1952）。1952年全国高校院系调整后成立南京农学院畜牧兽医系动物营养教研组；1985获饲料科学硕士学位授予权，1986年增设动物营养学硕士学位授予权，2003年获批动物营养与饲料科学博士学位授予权。本学科走出了汪德章、卢润孚、王栋、许振英、濮成德、梁祖铎、黄昌澍、任继周、王槐三、丁晓明、陆治年等一大批中国动物营养与饲料科学教育的先驱和著名专家，为我国现代动物营养与饲料科学的建立和发展奠定了重要基础。

动物营养与饲料科学学科瞄准国际科学前沿和国家重大需求，围绕建设一流畜牧教学科研基地的目标，在引领学科发展、培养畜牧创新人才、推动行业进步等方面做出应有的贡献。本学科现有教授18名、副教授14名，包括国家杰青1人，国家优青等四青人才4人，其他省部级人才4人。每年招收博士生30余人、学术型硕士生40余人和专业型硕士生50余人。

动物营养与饲料科学系下设猪营养与饲料、家禽营养与饲料、反刍动物营养与饲料、饲料加工与资源开发、消化道微生物以及伴侣动物6个教学科研室，在动物消化道营养和肠道微生物研究方面形成鲜明特色，围绕营养与动物健康、消化道微生物与营养代谢、饲料高效利用与资源开发等研究方向，开展畜禽系统营养学、饲料学和微观畜禽生物学基础等研究，研发和集成新技术，服务高效、优质可持续健康养殖。