动物遗传育种科学系是2021年学院系室调整时，从原动物遗传育种与繁殖系中独立出来、新成立的系。现有教育部科技部优良畜禽品种选育与品质提升学科创新引智基地、农业农村部畜禽资源（猪）评价利用重点实验室（南京）和江苏省奶牛生产性能测定中心等科研平台。1981年批准设立硕士学科点，为我国最早设立的硕士学科点之一。1996年批准设立博士学科点。
       动物遗传育种科学系现有教职工31人，其中教授11名、副教授12名，包括教育部新世纪人才1人，省“青蓝工程”中青年学术带头人1人，省“六大高峰人才”1人，省现代农业产业技术体系首席科学家1人。每年招收博士生20余人、学术型和专业型硕士生60余人。
       动物遗传育种科学系下设猪遗传育种、家禽遗传育种、羊遗传育种和牛遗传育种等4个教学科研室。动物遗传育种科学系瞄准国际科学前沿和国家重大需求，围绕生物育种、重要经济性状遗传解析和遗传改良、产业化等畜禽遗传育种关键科学问题开展研究，在引领动物遗传科学发展、培养动物遗传育种人才和推动畜牧行业进步等方面做出了积极的贡献。先后培育新淮猪、苏淮猪和“东晨1号”蛋鸽等国家畜禽新品种，鉴定国家级遗传资源“红灯笼猪”，手工克隆国内首例华西牛。