近日，我院消化道微生物研究团队在期刊 《Science of The Total Environment》在线发表了题为“Daily fluctuation of Lactobacillus species and their antibiotic resistome in the colon of growing pigs”的研究论文。
人类和动物的胃肠道蕴藏着丰富的微生物群落，它们具有巨大的理化和代谢潜力。乳酸杆菌是胃肠道重要共生菌，广泛用作饲料添加剂、食品发酵剂和营养保健品。随着抗生素耐药性的广泛传播，乳酸杆菌也被认为是耐药基因的储存库，具有向条件致病菌转移耐药基因的可能性。先前的研究表明，粪便微生物乳酸杆菌目的许多成员都具有昼夜波动的特点，特别是罗伊氏乳杆菌，并且乳酸杆菌与猪结肠微生物节律性耐药基因呈现相关性。但到目前为止，关于猪肠道乳酸杆菌及其耐药组的昼夜波动仍然缺乏系统研究。
本研究以瘘管猪为模型，采集24 h内的结肠食糜样品。利用宏基因组学表征猪结肠菌群组成，发现乳酸杆菌属是肠道的优势菌属，其中约氏乳杆菌、罗伊氏乳杆菌既是丰度最高的菌种，也是昼夜振荡最显著的两种乳杆菌。在乳杆菌属中注释到丰富的elfamycin类耐药基因也存在昼夜振荡。更有风险的是注释到具有可转移性的获得性耐药基因optrA和fexB。从不同猪场分离的乳酸杆菌存在对几种动物常用抗生素的耐药性，全基因组学数据也证实分离菌株基因组中存在与耐药表型相关的基因型。这提示我们猪肠道菌群及其耐药组具有昼夜波动的特征，结合基因型和表型评价动物源乳酸杆菌的耐药性很有必要，该研究可为动物源性益生菌菌株的分离、筛选提供理论参考。
动物科技学院在读硕士生徐健健为该论文的第一作者，苏勇教授为该论文的通讯作者，朱伟云教授、刘金鑫教授和李莲副教授指导了该项研究。消化道微生物研究室已毕业博士生王红玉，在读博士生徐荣莹、李丘轲参与了该项研究。该工作得到了国家重点研发计划（2022YFD1300402）和国家自然科学基金（32272891）的资助。
原文链接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0048969724009604?via%3Dihub
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